Des bactéries de plus en plus résistantes...

Branle-bas de combat. Une petite armée bien entraînée, portant masques et gants, isole un patient infecté par des entérocoques résistants. L'équipe aseptise la chambre dans laquelle il était. Dans le monde hospitalier, ces manoeuvres sont devenues routinières. Mais les entérocoques ne sont pas les seuls à semer le trouble...

Staphylocoques, streptocoques, pneumocoques, E Colis, salmonelles, méningocoques…toutes ces bactéries sont maintenant résistantes à un nombre croissant d'antibiotiques. Cette progression, fulgurante, inquiète le micro-biologiste et infectiologue Karl Weiss de l'Hôpital Maisonneuve-Rosemont :

« On pourrait se retrouver un petit peu à la limite dans une situation de Moyen Âge, oui, dans le sens que vous avez une infection sévère où vous n'avez plus de traitements antibio adéquat, je dirais, pour traiter cette infection… »

Résultat : la multiplication des méningites, des otites, des pneumonies, des empoisonnements sanguins, des gastro-entérites et des infections urinaires. On estime que les bactéries multirésistantes présentes dans les hôpitaux sont responsables de 2 millions et demi d'infections et de milliers de morts chaque année en Amérique du Nord. Parmi les 160 antibiotiques connus, il n'y en a plus beaucoup qui sont efficaces dans leur corps à corps contre les bactéries résistantes...

«Un antibiotique, c'est une clé qui permet de vous ouvrir une serrure. Et en ouvrant cette serrure, vous entrez dans la porte de la bactérie et vous êtes capable de créer beaucoup de problèmes à l'intérieur de cette bactérie-là et éventuellement de la tuer (...) La bactérie pour devenir résistante, il faut qu'elle trouve la façon de changer la serrure. Si elle a trouvé la façon de changer la serrure pour que vous ne puissiez plus utiliser votre clé, donc elle est devenue résistante et à ce moment-là, votre antib ne fonctionne plus », explique le Dr Weiss.

Ce qui rend les bactéries si redoutables réside dans leur simplicité même. Ce sont des créatures unicellulaires qui se reproduisent rapidement, en moyenne à toutes les 20 minutes. Chaque fois, il peut se produire une mutation génétique bénéfique pour la bactérie, qui la rend résistante à l'un ou l'autre des différents mécanismes d'attaque des antibiotiques.

Heureusement, les antibiotiques fonctionnent encore assez bien contre les bactéries les plus meurtrières, comme celles responsables de la typhoïde, du choléra ou de la peste.

* C'est grâce à des mutations génétiques spontanées que les bactéries deviennent résistantes à l'un ou l'autre des différents mécanismes d'attaque des antibiotiques. * Mais ce qui les rend si redoutables, c'est qu'elles se multiplient à toutes les 20 minutes. Les bactéries transmettent ainsi divers avantages évolutifs à leur descendance à une vitesse inouïe. * En comparaison, il faudrait aux humains un million d'années pour se multiplier autant que ne le font les bactéries en 4 ans! * Voilà pourquoi on en retrouve des milliards dans un foyer d'infection après tout juste 12 heures...

Est-ce la fin des antibiotiques?

« Je pense qu'on a pas forcément perdu la bataille globale des antib versus les bactéries. Je pense que les antimicrobiens sont là pour rester et je pense que c'est une arme extraordinaire qui a été trouvée», estime le Dr Weiss.

L'optimisme de Karl Weiss est confirmé par l'arrivée, pour la première fois en 30 ans, du premier antibiotique d'une nouvelle classe de médicament : la linézolide. Mais il y a un revers à la médaille. Cet antibiotique est très coûteux : en moyenne 160 dollars par jour au lieu de 20 dollars, comme c'est le cas pour la vancomycine. Plus troublant encore, on a déjà vu des cas de résistance à la linézolide. La course aux nouvelles molécules antibiotiques ne doit donc pas ralentir!

La réponse se trouve en partie dans cette bonne vieille terre. Car la grande majorité des antibiotiques présentement en utilisation clinique en proviennent. C'est la voie qu'a choisi Écopia, une petite entreprise québécoise, qui en mène large dans la recherche de nouvelles molécules antibiotiques. Cela s'explique, raconte son président Éric Cohen, par la décision de faire confiance à la nature:

« Les chercheurs pensent et projètent qu'il y a à peu près dans notre environnement 1,7 milliards d'espèces de micro-organismes. Donc c'est un chiffre colossal; c'est énorme. Et jusqu'à maintenant nous avons eu accès à peu près qu'à 1% de cette diversité, de ces micro-organismes, donc à peu près 17 millions de ces micro-organismes ont été jusqu'à maintenant analysés».

La génomique

Ce n'est pas demain que ce gigantesque réservoir de micro-organismes sera épuisé. Chez Écopia, on se penche particulièrement sur une famille de bactéries de sol très abondante, les streptomycètes, à laquelle on doit d'ailleurs la vancomycine, jusqu'à récemment l'antibiotique de la dernière ligne. Le grand défi, c'est d'accélérer le travail de découverte des molécules les plus intéressantes. Pour cela, on utilise la génomique. Cette nouvelle science permet de décoder le génome des bactéries en l'espace de quelques jours seulement :

« On est capable de déterminer : est-ce que ce micro-organisme est capable de produire une molécule, et cette molécule, est-elle nouvelle; et on est capable de déterminer, si vous voulez la classe et le type de molécules que ce type de micro-organisme est capable de produire», affirme Éric Cohen.

Les résultats sont spectaculaires. Cette année seulement, 240 molécules d'intérêt ont été identifiées. C'est énorme. Il y a tout juste quelques années, isoler une seule molécule prometteuse était une tâche longue et pénible , l'équivalent du travail à plein temps d'un étudiant au doctorat pendant 4 ou 5 ans.

Guerre aux staphylocoques

La génomique permet aussi de se glisser derrière les lignes ennemies. C'est l'avenue de recherche choisie par François Malouin, biologiste à l'Université de Sherbrooke. Dans son collimateur, les staphylocoques dorés… Ce sont les champions de la résistance. Leurs stratégies sont diverses : ils attaquent les antibiotiques avant qu'ils ne pénètrent dans la membrane; ils blindent toutes les portes d'accès; ou encore ils se camouflent. Avec tellement de succès qu'aujourd'hui, ils sont insensibles à plus de 75% de tous les antibiotiques. Pour comprendre les raisons d'un tel succès, François Malouin et son équipe ne se limitent plus à des recherche in vitro. Maintenant, ils peuvent pénétrer au cœur même des défenses mises en place par les bactéries multirésistantes et observer in vivo l'extrême complexité des infections qu'elles causent.

« … in vivo, tout le processus d'infection chez l'animal commence par, par exemple, une première exposition au système immunitaire; aussi elle doit se cacher, se camoufler, s'attacher à des cellules, pénétrer souvent dans les cellules, s'y multiplier, donc acquérir les éléments nutritifs dans ce milieu-la; donc tous ça, ce sont des gènes qui sont impliqués et on doit les reconnaître, on s'intéresse à ces gènes-là qui ne sont pas exprimés in vitro», précise François Malouin.

* Avec des biopuces qui permettent le criblage rapide de l'ADN et des lecteurs laser, François Malouin peut suivre à la trace plus de 6000 gènes en même temps. Cette analyse en continu du système entier d'une bactérie permet de comprendre l'expression ou la suppression des différents gènes qui sont activés quand il y a infection ou quand il y a résistance. * Avec des informations aussi précises, les chercheurs seront en mesure de modifier légèrement la structure moléculaire des antibiotiques pour leur redonner une nouvelle vie, par exemple. Ou encore désarmer les mécanismes de résistance d'une bactérie de façon à laisser une chance aux antibiotiques de faire leur travail.

Si la recherche sur les nouvelles molécules antibiotiques avance rondement, elle ne résoudra pas pour autant le grand problème de la résistance. Pour cela, certains chercheurs proposent des pistes rien moins que révolutionnaires...


Les autres avenues de recherches

Pendant que la recherche va bon train au niveaux des molécules antibiotiques elles-mêmes, dans d'autres laboratoires, de nouvelles avenues de contrôle des bactéries font leur apparition. Certaines sont remise au goût du jour et mettent en vedette les ennemis naturels des bactéries. D'autres mettent en jeu des astuces remarquables comme les bactéries n'en n'ont jamais vu jusqu'à ce jour. Un mouvement de pince unique est en train de se mettre en place qui redonnera peut-être dans quelques années l'avantage aux humains dans cette guerre à finir contre les bactéries, particulièrement les bactéries multi-résistantes.

Curieux d'en savoir plus? Plus de détails très bientôt sur notre site, dans le cadre de notre dossier spécial , «La riposte des antibiotiques»!

Journaliste : Mario Masson
Réalisatrice : Jeannita Richard