Le 15 octobre 1970, Michel Chartrand prend part à une assemblée de 3000 personnes au centre Paul-Sauvé, à Montréal, au moment où le FLQ enlève le conseiller commercial de la Grande-Bretagne, James Richard Cross, et le ministre québécois du Travail, Pierre Laporte.
Le lendemain, le 16 octobre, c'est la promulgation de la Loi des mesures de guerre. Des centaines de militants indépendantistes sans antécédent de violence, dont Michel Chartrand, sont arrêtés sans mandat. Dans le cas de M. Chartrand, les policiers le cueillent à 5 h du matin, à son domicile de Richelieu.
Simonne Monet-Chartrand et Michel Chartrand au moment de la sortie de prison du syndicaliste en 1971
Michel Chartrand est emprisonné avec Charles Gagnon, Jacques Larue-Langlois, Pierre Vallières et Me Robert Lemieux.
Les cinq sont accusés d'appartenance au FLQ et de conspiration séditieuse pour renverser le gouvernement du Canada.
Les codétenus assurent leur propre défense dans un procès très médiatisé appelé « le procès des cinq ».
Les accusés commenceront par semer le doute sur l'impartialité du juge Roger Ouimet. Pourquoi le juge ne peut-il pas être récusé pour des motifs vagues si les accusés peuvent être menacés par des accusations qui sont non moins vagues?, demandent les cinq.
Extraits du « procès des cinq »Michel Chartrand:
L'autre fois je vous en ai énuméré [des faits allégués], vous n'avez pas répondu sauf en disant: « Condamné pour mépris de cour »...
Le tribunal:
C'étaient des allégations générales...
Michel Chartrand:
Il y avait des faits. Je n'ai pas envie de recommencer ça, autrement je vais me retrouver avec plus d'années à vous servir que d'années à servir la justice.
[...]
Michel Chartrand
Si ça ne peut pas aller devant tel juge, ça ne veut pas dire que ce juge-là est pas bon, ça veut dire que, sur certains problèmes, il a telle attitude et sur tel autre problème il a telle autre attitude. Il n'y a personne qui peut être parfaitement impartial. Ça n'existe pas.
Le tribunal:
Même pas vous?
Michel Chartrand:
Bien sûr que non, surtout pas vis-à-vis le fédéralisme. Parce que ça nous cause assez de trouble - même dans les cours -, on ne peut pas être d'accord avec le fédéralisme. Et vous, vous êtes d'accord avec les fédéralistes... Ça ne vous empêche pas de juger, seulement ça nous inquiète. [...] On ne peut pas être parfaitement impartial. On a des tendances. On a des opinions. Or il s'agit d'un procès politique. L'accusation est politique. [...] C'est l'accusation, faites-la changer par la reine! On est accusé d'avoir conspiré séditieusement en préconisant le renversement du gouvernement par la force. C'est criminel, mais ça regarde un peu la politique ou bien donc je ne comprends rien. Vous, vous ne voulez pas juger en fonction de vos options politiques?
Le tribunal:
J'en ai pas...
Michel Chartrand:
Ah bon, bien vous n'en avez plus. Vous devez avoir des idées, non? Chez vous, dans le salon, vous en parlez un peu des fois?
[...]
Michel Chartrand:
Votre Seigneurie, on est entrés là-bas au Centre de prévention le 16 octobre 1970 par lettre de cachet et on n'a pas réussi à obtenir de cautionnement parce qu'ils avaient la lettre de cachet. Ç'a été aboli en France en 1790. Sartre a eu une libération à cause de ça. Dans les lois qui nous occupent, dans l'Empire britannique dont nous faisons partie, ça date de 1215 je pense, article 39, où le roi ne doit pas emprisonner dès le premier jour, ni garder quelqu'un en prison, sans passer par le jugement de ses pairs. Or on a ici, au Québec, [...] qu'à 5 heures du matin, on arrête des gens. On a attendu 20 jours pour nous donner un acte d'accusation.
Le 20 décembre 1970, Michel Chartrand célèbre son 54e anniversaire de naissance derrière les barreaux. Il festoie à « Parthenais Beach », comme il dit.
Tout au long des délibérations, les accusés sont plusieurs fois sanctionnés pour « mépris de cour », mais le juge Ouimet finit par rejeter l'accusation de sédition et déclare le procès nolle prosequi le 12 février 1971.
Michel Chartrand est libéré le 16 février 1971 et sort de prison le lendemain, après 4 mois de détention.
Le mois suivant, il fait une tournée à l'invitation des universités canadiennes, pour expliquer la situation politique au Québec. Michel Chartrand prendra la parole à Toronto, Saskatoon, Vancouver, Edmonton, Winnipeg, Kitchener, Waterloo, Hamilton, London, Montréal, Fredericton, Halifax et Ottawa.