Après la Slovénie et la Croatie, la Bosnie-Herzégovine déclare son indépendance, en avril 1992, à la suite d'un référendum. Les musulmans et les Croates y sont favorables, mais les Serbes, qui ont boycotté le scrutin, s'y opposent. L'indépendance est reconnue par la Communauté européenne, et la Bosnie adhère à l'ONU.
La République serbe de Bosnie, dirigée par Radovan Karadzic, déclare à son tour son indépendance. La guerre éclate.
Les milices serbes, commandées par Ratko Mladic et soutenues par l'armée fédérale yougoslave, entreprennent une « purification ethnique », tentant de chasser les Croates et les musulmans des territoires majoritairement serbes. Ils s'emparent aussi des grandes villes. Sarajevo est assiégée. Massacres, viols, camps de concentration : les atrocités se multiplient. Mais aucun État occidental n'est décidé à intervenir directement.
La force de protection de l'ONU (FORPRONU), forte de 6000 hommes, tente de faire respecter les trêves et de protéger les convois humanitaires. Des zones de sécurité sont créées à Sarajevo, Bihac, Zepa, Gorazde, Tuzla et Srebrenica pour protéger les populations.
Les Casques bleus démunis
Les combats acharnés continuent pendant toute l'année 1994. Les zones de sécurité contrôlées par l'ONU sont menacées par les Serbes sans que les Casques bleus et les forces aériennes de l'OTAN soient en mesure de faire quoi que ce soit.
Les soldats de l'ONU étant considérés comme des alliés objectifs des Bosniaques et non comme une force d'interposition, les Serbes s'en prennent à eux.
Après un raid de l'OTAN contre un dépôt de munitions près de Pale, Karadzic prend en otages plusieurs centaines de Casques bleus et les utilise comme des « boucliers humains » sur des sites stratégiques. La France et l'Angleterre répliquent par la création d'une force de réaction rapide (FRR) disposant d'une plus grande autonomie que la FORPRONU.
Le 11 juillet 1995, les Serbes prennent Srebrenica et massacrent des milliers de musulmans.
La fin de la guerre
L'OTAN bombarde les milices serbes et appuie les Croates dans la reconquête de la Krajina, une région serbe ayant fait sécession de la Croatie. Bosniaques et Croates reprennent le contrôle du territoire. Acculés, les Serbes acceptent les accords de Dayton, signés à Paris, le 14 décembre 1995, par les présidents de Bosnie (Alija Izetbegovic), de Serbie (Slobodan Milosevic) et de Croatie (Franjo Tudjman).
Selon l'accord de paix, la Bosnie-Herzégovine devient la confédération d'une entité croato-musulmane, la Fédération croato-bosniaque (51 % du territoire, 65 % de la population), et d'une entité serbe, la République serbe de Bosnie (49 % du territoire, 35 % de la population). Une force multinationale (IFOR), composée de 63 000 hommes et dirigée par l'OTAN (et non par l'ONU), est déployée entre les deux entités.
On estime que 200 000 personnes ont perdu la vie au cours du conflit.