Comme le montrait un reportage de CBC adapté par l'émission Enquête de Radio-Canada, le contexte même de la capture d'Omar Khadr n'a jamais été clair.
Selon la version officielle fournie par le colonel américain Roger King, en septembre 2002, l'aviation américaine a d'abord mené une attaque aérienne sur le baraquement où se terraient des combattants afghans. Un groupe des forces spéciales y a ensuite pénétré, à la recherche de survivants.
Le rapport officiel dit ensuite qu'une grenade a été lancée, tuant un militaire américain, et qu'il ne restait qu'un survivant, Omar Khadr.
Toutefois, un soldat, connu sous le pseudonyme d'OC-1, a contredit cette version. Selon lui, un autre survivant qui se trouvait sur les lieux a tiré vers les militaires américains, avant d'être abattu d'une balle à la tête.
Vidéo d'un interrogatoire d'Omar Khadr
Selon le témoignage d'OC-1, Omar Khadr se tenait loin des combats, était de dos et n'avait pas de grenade à la main. Il a été atteint de deux coups de feu avant d'être capturé. Ce rapport militaire a été modifié: on y lisait par la suite que le seul combattant encore en vie avait été atteint, mais n'était pas mort, suggérant qu'il s'agissait d'Omar Khadr.
Le journal personnel d'un autre soldat indiquait d'autre part que les soldats américains achevaient les survivants des bombardements à bout portant, ce qui est contraire aux lois internationales.
Selon le témoignage d'Omar Khadr lui-même, il a subi deux blessures par balle au dos, en plus d'avoir reçu des éclats d'obus dans l'oeil gauche, lors de ces combats.
En octobre 2009, le Toronto Star a publié des photos qui, selon les avocats de Khadr, démontrent que le jeune homme n'a pas pu lancer la grenade qui a tué le soldat Christopher Speer.
Allégations de torture
Le premier militaire américain à avoir interrogé Omar Khadr à la prison de Bagram en Afghanistan, Damien Corcetti, a soutenu devant les caméras de CBC que les méthodes employées pour faire parler le jeune homme étaient une forme de torture. On sait toutefois que le gouvernement américain a redéfini la torture de manière très restrictive, ce qui fait que de nombreuses méthodes d'interrogatoire controversées sont admises.
Les témoignages, tant de M. Corcetti que d'Omar Khadr lui-même, indiquent qu'on lui a imposé des positions douloureuses, qu'on a utilisé des chiens pour l'effrayer pendant qu'il avait un sac sur la tête et qu'il peinait à respirer, et qu'on l'a laissé au sol uriner sur lui-même. On l'a aussi privé de sommeil continu, notamment en préparation d'un interrogatoire par des représentants canadiens.
En prévision d'un interrogatoire subséquent, les militaires américains de la base de Guantanamo ont empêché le détenu de dormir plus de trois heures à la fois durant trois semaines, un traitement que l'ONU associe à la torture. Le gouvernement canadien a rejeté les allégations de complicité de torture.
Après avoir conclu qu'Omar Khadr avait été torturé par ses gardiens américains lors de sa détention, une cour fédérale canadienne, chargée par la Cour suprême de décider quels documents pouvaient être remis aux avocats du jeune homme, a ordonné la divulgation de l'enregistrement de l'interrogatoire du Canadien par des membres du Service canadien du renseignement de sécurité (SCRS).
Des droits violés, selon la Cour suprême
Dans son jugement unanime du 29 janvier 2010, la Cour suprême du Canada a clairement indiqué que les droits d'Omar Khadr ont été bafoués. Elle juge que la victime a dès lors droit à une réparation.
Le plus haut tribunal du pays juge que les interrogatoires auxquels ont participé des agents du SCRS contrevenaient « aux normes canadiennes les plus élémentaires quant aux traitements à accorder aux suspects adolescents détenus ». Avant de subir ces interrogatoires, le jeune Khadr a été privé de sommeil, une pratique que l'ONU associe à de la torture.